Так, написали ведь -
VirtualDub 
Только
VirtualDub MPEG - это, как следует из названия, для работы с мпег2 (формат DVD), а для мпег1 и авишек в h263, обычный
VirtualDub. Надо скачать какой-нибудь фильтр (благо, их немало написано) для добавления логотипа. Разумеется, процес будет идти в режиме кодирования (нового сжатия), поэтому, кроме добавления (см. аттач) и настройки фильтра, надо задать паратметры компрессии. Для этого надо иметь хотя бы минимальные представления о работе по кодированию видео. Если конечный результат видится в совместимом *.avi, то оптимаьным решением будет выбор DivX-сжатия.
п.с.
VirtualDub и его разновидности (
VirtualDub MPEG, NunDub2) не устанавливает своих кодеков, а работает только с теми, которые уже есть в ситстеме.
п.п.с. Практически, ежедневно юзаю Dub, решая диаметрально противоположную задчу - использую фильтр
logoway v.3.5 для удаления эти самых дурацких логотипов (с тв-рипов)
