Скорее всего, второе...
Jscript,Vbscipt - это языки с помощью которых и работает msxml. Если бы в системе не было поддержки этих языков,то везде были-бы ошибки,так как почти все диалоговые вкладки(панель управления) в мастдае работают на этих языках...
Значит это MSXML3-парсер - это и есть то,что ругается на синтаксические ошибки кода.И что-то мне кажется,что именно он был повреждён.При регистрации библиотек в системе с помощью инструмента regsvr32 обновляются не только системные файлы,но и записи регистра,которые,как мне кажется, были повреждены руткитом обходящим Windows File Protection.Думаю,что не для никого не секрет,что Windows+Антивирус+Антитроян - это тряпка,если грамотно созданный руткит использует дыры в Windows API ,или же работает на уровне ядра.Такая-же ситуация с Valve Anti Cheat'ом.
Почитай тут о совместимости msxml3 и версии ie ->
http://www.computerra.ru/softerra/review/technologies/microsoft/7893/.Статейка старая,но даже и сейчас некоторые "доморощенные" сборки Windows пестрят подобными недочётами.