Только обратно на фильм накладывацца она не захотела
А через какую прогу ты на фильм аудио-поток хотел наложить? VirtualDub - лучшее решение. Я ею уже не первый год пользуюсь. Весит она пол мега всего. Там любые манипуляции с аудио и видео потоками можно делать, в опциях всё понятно и просто, только необходимы сторонние инкодеры (Divx, xvid, mp3 encoder и т.д.). Лично я все фильмы кодирую в Xvid и Mp3 Encoder, в Xvid'е на мой взгляд, качество получается получше, чем в DivX 5.0 (в нём блочность больше). Но речь у нас об аудио дорожке:
Свою дорожку закодируй в Wav, затем открываешь видео через VirtualDub, там ставиш в меню Audio - использовать другой поток "Wav", выбираешь свою дорожку и подгоняешь синхронизацию, если вдруг звук отстаёт или наоборот. А потом кодируешь Аудио в Mp3, а видео оставляешь без изменений и всё...